返回云南后,陈诚统一了远征军的编制,10月再次制订远征军反攻计划,但在10月中旬胃病发作,几度昏迷,已不能坚持正常工作,于11月底赴重庆休养。
1944年6月,日寇兵临潼关。为解西北之急,蒋介石决定在汉中设立第一战区,由陈诚出任司令长官兼冀察战区司令,所辖六省区,节制九个集团军、23个军,实力为全国各战区司令之首。
11月,蒋介石已完成由陈诚取代何应钦的历史过渡,即任命陈诚接任何应钦的军政部长一职,为了安抚何应钦,蒋介石不久又安排何应钦出任同盟国中国战区中国陆军总司令。
五、兵败辽沈
抗战胜利后,1946年5月,国民党撤销原军事委员会及所属军令部、军政部以及何应钦的陆军总司令部,成立国防部,将军政大权集中到国防部。经过一番各方势力平衡,最后由桂系白崇禧任第一任国防部长,陈诚任参谋总长。
从名义上看,国防部长领导参谋总长,但蒋介石将白崇禧放在国防部长的位子上架空,而由陈诚掌握国防部大权,上对蒋介石负责,下直接统领陆、海、空三军和联勤四个总司令。