1618年，神圣罗马帝国皇帝指定信奉天主教的斐迪南二世为波希米亚(今捷克)国王。波希米亚是新教邦国，但是斐迪南二世却下令禁止布拉格新教徒的宗教活动，拆毁其教堂，并宣布参加新教集会者为暴民。结果，一些愤怒的布拉格群众把斐迪南公爵的两名随从扔出窗外，史称“掷出窗外事件”，它成为三十年战争的开端。
整个战争大致分为四个阶段：
一、捷克——巴拉丁时期(1618～1624年)。1526年，捷克并入神圣罗马帝国，实际沦为奥地利哈布斯堡家族的领地。“掷出窗外事件”发生后，波希米亚摆脱了哈布斯堡王朝的统治。1619年，国民选举巴拉丁选帝侯弗里德里希为国王。1620年，神圣罗马帝国皇帝斐迪南二世依靠德意志天主教阿盟军，入侵波希米亚。西班牙出兵巴拉丁以作为波希米亚的援助。1620年底，波希米亚和巴拉丁联军被天主教同盟军击败，弗里德里希逃亡荷兰，波希米亚重归奥地利统治。
二、丹麦时期(1625～1629年)。神圣罗马帝国皇帝的胜利，威胁到了德意志新教诸侯，引起一些欧洲国家的武装干涉。丹麦得到英、法的资助，于1625年在北德意志新教诸侯支持下攻入德意志帝国境内。波希米亚贵族瓦伦斯坦率雇佣军协同天主教同盟军打败丹麦军队，控制了萨克森地区。l629年5月，丹麦同德意志签订《吕贝克和约》，保证不再干涉德意志事务。皇帝的势力延伸到波罗的海。