第巴桑结嘉措在康熙三十六年(1697)公布五世达赖去世消息，同时宣布转生灵童已找到，即康熙二十二年(1683)降生、年已十六岁的仓央嘉措。康熙三十六年十月二十五日，正式迎仓央嘉措至布达拉宫坐床，是为六世达赖喇嘛。康熙皇帝授予印信、封文，予以承认。然而第巴桑结嘉措的政敌和硕特汗却表示反对，视之为假达赖喇嘛。
和硕特汗与噶丹颇章政权之间的矛盾由来已久，桑结嘉措任第巴伊始，就对蒙古汗干涉西藏政务心怀反感。受封土伯特王以后，更急于独掌西藏大权，摆脱和硕特汗。
康熙四十年(1701),达赖汗去世，长子旺札勒即位。康熙四十二年(1703),达赖汗次子拉藏汗毒死其兄，夺得汗位。拉藏汗与第巴桑结嘉措的关系日益恶化。双方终于发生军事冲突。康熙四十四年(1705)七月，桑结嘉措兵败被杀。拉藏汗另立隆素为第巴，向康熙皇帝陈奏假达赖喇嘛情由及事件经过，说仓央嘉措不是真达赖灵童，耽于酒色，不守清规，请予“废立”。虽然拉藏汗与第巴桑结嘉措势不两立，但他们都臣服于朝廷，都力争得到朝廷的支持和加封。康熙皇帝想利用忠于清王朝的地方势力稳定边疆，巩固国防，不愿与其中任何一派决裂，所以经常在他们对立的两派之间调解，谋取平衡。如册封第巴桑结嘉措为土伯特王，并承认他所确立的六世达赖喇嘛。然而，当拉藏汗杀桑结嘉措、左右着西藏局势、要求“废立”六世达赖喇嘛银制五世达赖喇嘛像时，康熙皇帝又继续承认并予以支持，遣使册封拉藏汗为翊法恭顺汗，赐金印，令拘假达赖喇嘛赴京。